公元一八七四年，同治帝驾崩，慈禧册立醇亲王刚满四岁之子为光绪帝。成年后的光绪没有实权，甲午战败之后虽有意实施变法，却被慈禧残酷镇压，光绪求助袁世凯反被出卖，被软禁瀛台，其爱妃珍妃亦被打入冷宫。此时八国联军攻入京城，慈禧决定弃城而逃，光绪宁死不逃。慈禧病重，为防止光绪重掌政权，决定处死光绪，立宣统溥仪为帝。溥仪在当皇帝的游戏中长大。此时清朝大势已去，但溥仪却一心想复辟，事败。不久北洋军阀混乱，直系吴佩孚手下冯玉祥突然倒戈相向，直抵紫禁城，逼溥仪离开。至此，中国四千多年的封建帝制宣告结束。

《满清十三皇朝2》结合正史野史讲述了满清十三个皇帝中四个皇帝的故事，其中雍正10集、乾隆20集、嘉庆10集、道光10集。