漩涡博人虽然身为木叶英雄漩涡鸣人的儿子，但博人却并没有因为这样而喜欢父亲，反而一心希望被鸣人否定并有着超越鸣人的想法，于是恳求身为父亲永远对手的宇智波佐助收他为徒，决心写出属于自己的新篇章，让父亲对他另眼相看。

位于东京的东都线地铁开通当日，一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发，导致东都线列车损毁。经过一番推理，柯南等人认定这与8年前朝仓主持负责的北之泽水坝的修建有关。当年为了修建大坝，朝仓动员北之泽村的人民搬入新村，可是仍有许多人反抗到最后阶段。为了探明真相，柯南等人开赴白雪皑皑的北之泽。在这片纯净的雪国，少年们尽情玩耍，与此同时他们也遇到了几名原北之泽村的村民，山尾溪介、远野瑞希、立原冬美等人。他们是从小一起长大的好朋友，而彼此之间似乎又有着某种芥蒂和秘密。