里昂在执行从绑匪手中解救安东尼奥·泰勒博士的任务时，一个神秘女人挡住了他的任务。与此同时，克里斯正在调查旧金山爆发的僵尸事件，感染原因无法确定，唯一确定的是受害者最近都去过恶魔岛，根据这一线索，克里斯与他的团队前往这座小岛调查，那里有未知的恐怖在等待着他们。

大学教授瑞贝卡，正在调查一件“死者复生残暴化”的事件，发现这次的事情跟新型病毒有关，并且成功开发了解药，但就在关键时刻居然遭到了攻击!险些丧命的瑞贝卡逃了出来。在那之后，瑞贝卡和克里斯一起找到了里昂，同时也是最了解此次新型病毒事件的人，再度相逢的里昂和克里斯，为了阻止大反派的生化计划，加上瑞贝卡三个人共同前往纽约开始了战斗。

BSAA的克里斯根据情报，率队突入私卖武器组织的据点——某所洋馆。在探索过程中，克里斯与国际通缉犯格伦·阿里亚斯展开对峙，结果看到难以置信的一幕并被对方逃走。另一方面，现任大学教授的瑞贝卡则在调查研究“死者苏醒并凶暴化”的离奇事件。在调查中，瑞贝卡发现了新型病毒与此事有关，并开发出了解药。但是研究所突然遭到袭击，危难关头在赶来的克里斯的帮助下，瑞贝卡才九死一生。此次袭击过后，克里斯和瑞贝卡找到了里昂……

斯塔克公司最新研制的天幕卫星“霍华德”即将升空，它超强的监视功能饱受争议。而托尼·斯塔克则饶有兴致地与战争机器詹姆士·罗德穿着各自的铠甲进行连番惊险刺激的较量。就在此时，号称“突击兵”的武装机器人入侵发射场，与钢铁侠和战争机器展开激烈的混战。而指挥部方面，一名自称以西结的神秘白色铠甲人释放出神秘生物细胞，杀害了所有眼前的生物。钢铁侠在与他的对决中遭遇惨败，指挥塔也彻底毁灭。在此之后，他拒绝向神盾局汇报细节，独自一人找到正在休假的佩珀·波茨，一同调查以西结的身份及其真实目的。一方面，神盾局对斯塔克紧追不放；另一方面，来自暗处的敌人也接二连三向他袭来……