故事发生在距离前作战乱结束十年之后的2035年。随着科技的进步，机甲更新换代，拥有了更先进的功能和更强劲的战斗力。但外星“先驱”仍对地球蠢蠢欲动，当海底虫洞再次被打开，进化而来的怪兽更加庞大且智慧，它们似乎酝酿着更具威胁的阴谋，地球再次陷入被巨兽侵袭的危机。面对机甲驾驶员的短缺，杰克（约翰·波耶加 饰）与奈特（斯科特·伊斯特伍德 饰）这对曾经的机甲驾驶员搭档再次联手，不得不冒险率领从未有过实战经验的机甲学员们奋起抵抗，为守护住人类最后的希望与怪兽展开硬碰硬的激烈一战。

凯撒（安迪·瑟金斯 饰）领导的猿族将被迫与残暴的Colonel（伍迪·哈里森 饰）领导的人类军队上演一场生死大战。猿族在战斗中遭遇了前所未有的重创，由此激发了凯撒内心中黑暗的一面，心中燃起复仇的烈火。最终，凯撒与Colonel面对面进行了一场关乎猿族和人类命运的终极之战。