故事发生在前作芝加哥终极决战四年后，汽车人与霸天虎从地球销声匿迹，而人类也在断壁残垣的废墟中开始了新生。然而，一群手握大权的商人联合天才科学家，意欲通过那场入侵打破壁垒，研发出他们实则难以驾驭的全新技术。与此同时，地球也遭受到了一个古老而强大的变形金刚的威胁恫吓，关乎自由与奴役的正邪史诗决战一触即发……

影片主要讲述了反派角色Yaz想要回到过去杀死Kay探员，随之发生了一系列难以想象的事件。威尔·史密斯扮演的Jay探员也回到了1969年，与年轻时代的Kay执行任务，共同阻止Yaz毁灭这个世界。