约翰·康纳领导着人类抵抗天网和它的终结者军团，可是马库斯的突然出现改变了康纳信仰中的未来状况。正当天网卫星准备发起最后一轮攻击之时，康纳和马库斯开始潜入天网卫星操作心脏，在那里他们将揭示隐藏在人类灭亡背后的惊人秘密。

托马斯、米诺一行人被带到一座神秘的庇护所，这个机构由表里不一的詹森所管理，詹森为他们提供安稳且舒适的环境，并下令让幽地斗士们在医疗实验室中接受一连串的测试，詹森向托马斯保证将会把他们送到更加安全的保护区与其他对“闪焰症病毒”免疫的年轻人一同居住。察觉事有蹊跷的托马斯决定再次带领他的伙伴们逃出詹森的掌控，然而等待他们的，却是比迷宫更加危险的焦土。影片改编自詹姆斯·达什纳撰写的同名反乌托邦科幻小说三部曲的第二部。