在家长重重压力下想要离家出走的大雄（大原惠美 配音）、胖虎（木村昴 配音）、小夫（关智一 配音）和静香（嘉数由美 配音），在哆啦A梦（水田山葵 配音）的协助下来到了七万年前的地球。在创造属于自己的世外桃源时，他们偶遇神秘少年古古儿，继而被卷入了光明族和黑暗族的部落争斗之中。大家齐心协力智斗巨尊比，不想却发现了一个惊天秘密……

高中生侦探工藤新一和青梅竹马的女友毛利兰在多罗碧加乐园约会时遇到了杀人事件。身为侦探的新一揭穿了这场杀人事件的骗局，不料却在目睹了行动诡异的黑衣男子的交易场景之后，遭到背后袭击并被灌下神秘组织新研发的毒药Apoptoxin 4869，醒来时身体便回到了孩童状态。