相依为命的达菲鸭和猪小弟发现家里屋顶破了个大洞，为筹修理费，二人四处打工，经猪小妹介绍辗转来到口香糖制造工厂工作，意外发现藏匿在泡泡糖中的惊天阴谋。在这场事关全人类的危机中，达菲鸭和他的「猪队友」也成为拯救末日的唯一希望，史上最危险的太空救援任务即将展开！

马力欧和路易吉是生活在布鲁克林的两名水管工，他们刚刚成立了自己的小公司，但很显然，他们的家人并不完全支持兄弟两人的这份事业。某日，在工作中，马力欧和路易吉被水管吸入到了一个光怪陆离的世界之中，两人在旅途中被迫分开，马力欧来到了由碧姬公主统治的蘑菇王国，而路易吉则不幸的被传送到了由酷霸王统治的库巴王国。此时，酷霸王正准备大举进攻蘑菇国，掳走公主并和她结婚，在这个节骨眼上，马力欧的出现带给了碧姬公主希望，她带着马力欧来到了丛林王国，请求那里的国王和王子的支援。